Не передаётся значение $_GET переменной

Перед mysql_query выведи значение "DELETE FROM ".$what." WHERE id='$id'" и покажи его, ну или сам догадайся, что в нем не так.

DELETE FROM ".$what." WHERE id='$id'"

У Вас на каждый товар таблица?

DELETE FROM table_name WHERE id=1...

Мб $_GET['what']?

/admin_panel.php?delete_catalogue=9

<table>
<tr>

<td valign="top">
<?php

$table = $_GET['table'];
?>
<form name='<?php echo $table; ?>' action='../uploadCatalogue.php' method='post' enctype='multipart/form-data'>
<label for='file'>Изображение:</label>
<input type='file' name='img' id='file' /><br/>
<label for='graphic'>Чертёж:</label>
<input type='file' name='graphic' id='file' /><br/>
<label for='title'>Заголовок:</label>
<input type='text' name='title' id='descr' /><br />
<label for='descr'>Описание:</label>
<textarea for='text' name='descr'></textarea>
<input type='submit' name='submit' value='Submit' />
</form>
</td>
<td valign="top">
<a href="?what=sliding_systems">Раздвижные системы</a>
<a href="?what=catalogue">Каталог</a>
<a href="?what=crom_profile">Кромочный профиль</a>
<a href="?what=bar">Барные стойки</a>
<a href="?what=rellings">Релинги</a>
<a href="?what=coupe">Наполнение для шкафов купе</a>

<?php
$what = $_GET['what'];

if(isset($_GET['delete_catalogue'])) {

$account->deleteCatalogue($_GET['delete_catalogue'], $what);


} else { $account->showListCatagoue($what); }

?>
<?php echo $what; ?>

</td>
</tr>
</table>