останавливается выполнение кода.

есть функция в которой имеется цикл while в этом условии происходит вызов другой функции которая находится в другом файлике, на этом цикл while останавливается и действие начинает происходить в той функции которую я вызвал, а мне нужно что цикл продолжался не дожидаясь того когда завершиться действие в вызванной функции.

это невозможно, php однопоточный и выполняется всё по очереди, темболее как я понял от результата функции зависит будет цикл продолжатся или закончится.
Вам нужно просто пересмотреть логику, цикла и функции и всего вместе, я уверен всё можно переписать по другому.

-----
Если вы хотя бы 3-4 раза не решите всё выкинуть и начать заново - вы явно что-то делаете не так.

http://habrahabr[dot]ru/post/134501/

Ну хорошо, я сделал так из цикла я вызваю функцию в другом файле, в той функции просто записываю в массив данные, потом отдельно запускаю скрипт который находится в файле вместе с массивом. и скрипт не видит все что записывается в массив.

Здравствуйте.

Пока не завершится действие в вызванной функции, цикл while не будет знать, что ему делать, по-этому он ее и ждет.



По-подробнее, как это "отдельно запускаю"? По идее все файлы с "include", "require" и т.д. собираются в месте и прогоняются 1 раз. А что, собственно, в цикле while происходит с результатами вызова функции? Можно ли разные действия разнести в разные циклы, которые останавливаются независимо друг от друга, например?

А вообще хорошо бы посмотреть коды для определения способов требуемого рефакторинга кода.