из кода приведеного выше не совсем понятно, но судя по всему у вас чтение файлов проходит в цикле и ошибка свидетельствует о том что не успевает выполниться скрипт за отведенное ему время. поэтому та часть файлов которая успела обработаться и работала нормально, а существует еще и файлы, которые так и не успели попасть под обработку...
|