На практике убедился:
1.если скрипт формирует web страницу, то для того что бы не было кракозяблов кириллицы должны совпадать кодировка скрипта и кодировка указанная в теге <meta>

2. Если скрипт возвращает ответ на ajax запрос, то для того что бы кирилица в ответе не кракозябрилась скрипт должен быть в той же кодировке что и веб страница с которой посылается запрос.

Потому и возник вопрос - на что влияют кодировки: input_encoding, output_encoding, internal_encoding?
Как я не менял их с помощью iconv_set_encoding(), никакого эффекта от этого не заметил.
Тем не менее они должны на что то влиять. (PHP 5.4)
Подскажите кто знает - на что влияют эти кодировки? Когда они проявляются?

Для примера - мой скрипт в кодировке UTF-8