Вопрос вообще не про пхп, а просто как лучше спроектировать базу, как распределить все файлы по папкам, как правильно построить index.php, вопрос даже не в правильности, а в удобстве...

все зависит от бизнес логики. имхо, удобнее всего проектировать на белом листе бумаги

Ну как делаете вы?

Слишком философкие вопросы, однако. Каждый руководствуется иходя из своего опыта. Вряд ли есть общие рецепты.

Вот я про этоже, общих я не спрашиваю, я хочу видеть как делаете вы, а там решу для себя

Так это и от проекта зависит
в одном так нужно в другом эдак

вряд ли вам дадут пошаговый рецепт.
Нету тут критериев просто правильно или просто неправильно.
Возьмите любой популярный фреймворк и посмотрите. И то многие стрятся по разному. нельзя сказать что YII более правильный чем CI а у DLE более правильная база

index.php - технология switch
каждую папку защищаю через апатч
файлы типа .css, .jpg на 403
и так далее, мне так удобно..

Я про распределение файлов по папкам..
(Добавление)
К примеру проектирование Цмс, как лучше распределить все по папкам, чтобы скрипты были не зависимы от шаблона

css dir
js dir
template dir
function dir
module dir
index.php file
(Добавление)
у меня так