Здравствуйте!

Подскажите, пожалуйста, какие действия предпринять, чтобы сделать подключение к базе более безопасным, где хранить пароли от базы, как импортировать этот файл с паролем правильно (может есть какие-то специальные средства, кроме include()).

Что вообще порекомендуете, чтобы не каждый школьник смог удалить мою информацию?

проверки делать всевозможные, если используется _GET и какойта параметр передаётся в url, то делать жёсткую привязку к типу (int)

Понял. А как насчет места для хранения пароля. В каком виде должен быть этот файл? Надо ли его разбивать на несколько файлов ли как? Например, в одном файле логин, во втором - пароль, в третьем - имя базы.

проще и надёжнее пораль держать в виде md5() и сверять хэш

а как, можно простой пример?

md5(password);
// Выведет 5f4dcc3b5aa765d61d8327deb882cf99

вот в таком виде и хранить пароли в БД, даже в случае взлома это мало что даст злоумышленнику
ещё тут советовали дважды обрабатывать пароль, т.е.

echo md5(md5(password));

Почитайте в ветке уроков урок №18, начальное представление он Вам даст.
Общая ссылка:
http://php.net/manual/ro/security.general.php
Безопасность файловой системы:
http://php.net/manual/en/security.filesystem.php
Безопасность БД:
http://php.net/manual/en/security.database.php
Безопасность сессий:
http://php.net/manual/en/session.security.php

Думаю, для начала хватит.