Собственно, вопрос касается и организации структуры в проекте и на сервере.
Что означает общедоступность/публичность папки pulic_html? Кто имеет к ней доступ и на каких правах? Это настраивает пользователь домена или хостер выдает стандартные настройки без возможности правки?

Почему прикладные папки с картинками, js скриптами работают только изнутри папки public_html, а из того же уровня иерархии папок(если эти папки положить на одном уровне с пабликом) - нет?

Имеют ли принципиальное отличие ответы на эти вопросы в контексте локального и реального сервера?

В инструкциях некоторых хостеров написано, что нужно помещать файлы проекта в папку паблик. А как же сами файлы проекта с кодом? Или это зависит от политики настроек сервера, что он разрешает- только исполнение, или и чтение/запись?

Ну, вы уж совсем под дурачка не косите. Сервер автоматом отдает находящиеся в ней файлы.

Все известные мне Web-серверы используют концепт корневого каталога сайта. Про обязательность не скажу, но по традиции принято указывать корневой каталог для каждого создаваемого под Web-сервером сайта, даже если он нафиг не нужен (нет проблемы указать какую-нибудь пустую папку в качестве корня).

Эээ... паблик сопоставляется с адресом /. Как сервер будет автоматом адресовать что-то лежащее вне паблика? Да и /../ - это уже небезопасно. Сервер наоборот с таким должен бороться.

Уже давно все вменяемые хостеры предоставляют «папку проекта», лежащую на один уровень выше корня ;) У некоторых есть возможность указать любой уровень вложенности и любое имя корня относительно этой «папки проекта» (т.е. любой подкаталог, подподкаталог и т.д.).