почему не срабатывает?

/etc/cron.d/0hourly

# Run the hourly jobs
SHELL=/bin/bash
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
MAILTO=root
34 * * * * root run-parts /etc/cron.hourly
34 * * * * php5.4 ~/etc/cron.hourly/cron > /dev/null
34 * * * * php5.4 ~/etc/cron.hourly/cron.php > /dev/null
34 * * * * root run-parts /etc/cron.hourly/cron.php
34 * * * * root run-parts /etc/cron.hourly/cron

не один из вариантов не запускает файл cron.php

См. логи (syslog вероятно) и указанную почту.

2 и 3 варианты очевидно пожалуются на несуществующего пользователя php5.4
4 и 5 - вероятно указывают не на директорию
1 - проверьте права на запуск скрипта и является ли он самодостаточным скриптом, т.е. начинается с [url=https://en.wikipedia.org/wiki/Shebang_(Unix)]shebang[/url]

файл /etc/cron.hourly/cron.php рабочий, исполняемый

строчки в файле /etc/crontab
SHELL=/bin/bash
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
MAILTO=''

57 * * * * root run-parts /etc/cron.hourly


выводят, кстати, на минуту раньше указанной:
(*system*) RELOAD (/etc/crontab)
(CRON) bad minute (/etc/crontab)