Приобрел SSL сертификат для сайта. На почту пришло письмо, в нем 5 текстовых блоков:

С private key все понятно (п.5)
С сертификатом тоже. (п.1)
Теперь про третий файл (это либо п.2 либо п.3)
не сразу разобрался, в инструкции написано что-то про промежуточный и корневой сертификаты вперемешку. Какой из них ставить - ну решил поставить корневой. Перезапустил апач - https работает.
Через какое-то время подумал, а для чего тогда "промежуточный" файл? поставил его вместо корневого, перезапустил апач - тоже работает. Странно
Решил вообще проверить все сертификаты - открыл файл приватного ключа, поменял пару букв в нем, сохранил, перезапустил апач, вышел из браузера, открыл браузер в приватном просмотре, почистил кэш, открыл сайт - "подтверждено"

Что за ерунда?

Корневые и промежуточные сертификаты есть в системе и браузере.

В общем, нужно устанавливать промежуточный сертификат

потестил тут:
https://www[dot]geocerts[dot]com/ssl_checker
https://www[dot]sslshopper[dot]com/ssl-checker[dot]html

может, кому пригодится
(Добавление)
а насчет рег.ру (reg.ru) печально - их сотрудники ни внятного ответа мне не смогли дать в течение 3 суток, ни написать нормальную инструкцию по установке сертификата для апача

не пригодится, т.к.
1. http://ssllabs[dot]com/
2. на reg.ru только умалишенные регаются.
3. удачи с их сертификатами.

Ваши рекомендации, где регаться?

зависит от требований. Обычно на rapidssl.com регаюсь или на domaindiscount24.com
Саппорт обычно в течение суток отвечает если на почту.