Какая это именно версия Ubuntu и это выпуск Ubuntu Server ?

Недавние релизы Ubuntu Server (такие как 10.04) поставляются с AppArmor и MySQL профиль по-умолчанию, мог быть запущен в режиме обеспечения безопасности. Вы можете это проверить, выполнив команду sudo aa-status примерно так:

# sudo aa-status
5 profiles are loaded.
5 profiles are in enforce mode.
  /usr/lib/connman/scripts/dhclien t-script
  /sbin/dhclient3
  /usr/sbin/tcpdump
  /usr/lib/NetworkManager/nm-dhcp- client.action
  /usr/sbin/mysqld
0 profiles are in complain mode.
1 processes have profiles defined.
1 processes are in enforce mode :
  /usr/sbin/mysqld (1089)
0 processes are in complain mode.

Если mysqld включен в режиме безопасности, тогда это вероятно единственная причина отказа в записи. Сообщения также будут записаны в /var/log/messages, когда AppArmor блокирует запись/доступ. Вы можете изменить /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld и добавить /data/ и /data/* чуть ниже, примерно таким образом:

...
/usr/sbin/mysqld {
    ...
    /var/log/mysql/ r,
    /var/log/mysql/* rw,
    /var/run/mysqld/mysqld.pid w,
    /var/run/mysqld/mysqld.sock w,
    /data/ r,
    /data/* rw,
}

И перезапустить AppArmor
# sudo /etc/init.d/apparmor reload

ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: Изменения выше позволят MySQL читать и записывать директорию /data. Мы надеемя, вы уже осознаете последствия этого для безопасности.