Здравствуйте!

Какой режим работы php лучше использовать?
Основная задача сервера - хостинг сайтов. Есть несколько пользователей на сервере, которые размещают на выделенных им ресурсах сервера свои web-сайты.

В данный момент php работает как модуль apache (mod_php)

ну тут спорный вопрос. многие пишут что якобы FastCGI лучше, но я лично вешаю nginx на фронт, а апач на бек. Почему в вашем случае так будет лучше? Да потому Вы планируете хостить, а большинство CMS используют mod_rewrite. Вам придеться все ети правила вручную прописивать в nginx. Если хостов много затруднительно будет все поддерживать в актуальном состоянии ИМХО

Всегда использую nginx+php-fpm. Горя не знаю, но конечно ЧПУ не использую и не вижу смысла в нём.

BMW M6
Front Controller и на Nginx-е сделать легко, здесь дело что сервер для хостинга. Ну и смисл в ЧПУ не в том, что красивие УРЛ. А в том, что есть единсвенная точка входа

Как раз-таки именно в том, что у ЧПУ человеко-понятный урл.
Единая точка входа при этом просто удобный приём, но не обязательный.


И этим выбор и предопределён. Полностью согласен. Остальные моменты можно не рассматривать.
Ну разве только nginx->apache2->fast-cgi

Убедили
И тесты в интернете тоже показывают, что mod_php работает быстрее. Как с акселератором php, так и без.