все сделал

ServerRoot "C:/Program Files/Apache Group/Apache2"

#
# Listen: Allows you to bind Apache to specific IP addresses and/or
# ports, instead of the default. See also the <VirtualHost>
# directive.
#
# Change this to Listen on specific IP addresses as shown below to
# prevent Apache from glomming onto all bound IP addresses.

#
#Listen 12.34.56.78:80
Listen 80

NameVirtualHost IP:80
<VirtualHost IP:80>
ServerName mysite
DocumentRoot "c:/apache/www/mysite"
<Directory "c:/apache/www/mysite">
Allow from all
Options +Indexes
</Directory>
</VirtualHost>

#
# Dynamic Shared Object (DSO) Support
#
# To be able to use the functionality of a module which was built as a DSO you
# have to place corresponding `LoadModule' lines at this location so the
# directives contained in it are actually available _before_ they are used.
# Statically compiled modules (those listed by `httpd -l') do not need
# to be loaded here.
#
# Example:
# LoadModule foo_module modules/mod_foo.so
#
LoadModule actions_module modules/mod_actions.so
LoadModule alias_module modules/mod_alias.so
LoadModule asis_module modules/mod_asis.so
LoadModule auth_basic_module modules/mod_auth_basic.so
#LoadModule auth_digest_module modules/mod_auth_digest.so
#LoadModule authn_alias_module modules/mod_authn_alias.so
#LoadModule authn_anon_module modules/mod_authn_anon.so
#LoadModule authn_dbd_module modules/mod_authn_dbd.so
#LoadModule authn_dbm_module modules/mod_authn_dbm.so
LoadModule authn_default_module modules/mod_authn_default.so
LoadModule authn_file_module modules/mod_authn_file.so
#LoadModule authnz_ldap_module modules/mod_authnz_ldap.so
#LoadModule authz_dbm_module modules/mod_authz_dbm.so
LoadModule authz_default_module modules/mod_authz_default.so
LoadModule authz_groupfile_module modules/mod_authz_groupfile.so
LoadModule authz_host_module modules/mod_authz_host.so
#LoadModule authz_owner_module modules/mod_authz_


При наборе http://mysite/perl/my[dot]pl выводит
#!c:/perl/bin/perl.exe
echo "Content-type: text/html\n\n";
echo "Yes! It works!";

и при наборе http://mysite/perl/
выводит

Forbidden

You don't have permission to access /perl/ on this server.

и еще при наборе http://mysite/ так же как и при наборе http://localhost/
выводит
Hello world
(Добавление)
И еще строчка c:/apache/www/mysite у меня www находится по такому пути c:/www/

Хорошо Главное проследите за тем чтобы объявление VirtualHost находилсоь после объявления прав основных www-папок
Здесь все верно - обычно содержимое то есть список файлов в папке с CGI-скриптами скрывают
Это плохо - значит отработчки AddHandler cgi-script .exe .pl .cgi не сработал
Хотя необходимо проверить директиву отвечающую за работу shebang-конструкции под windows - а именно УБРАТЬ директиву ScriptInterpreterSource registry чтобы путь к интерпретатору брался из этой конструкции
Вообще для начальной проверки советую сделать простенький exe-файл который выводит то же саоме что и приведенный выше Perl-скрипт и запустить его - это даст возможность проверить правильность настройки CGI-интерфейса

первым делом проверил AddHandler cgi-script .exe .pl .cgi и действительно небыло .exe и .pl , добавил.
виводит все то же что и раньше
Попробовал my.exe в нем
#!c:/perl/bin/perl.exe
echo "Content-type: text/html\n\n";
echo "Yes! It works!";

ввожу http://mysite/perl/my[dot]exe
начинает загружаться что то.

УБРАТЬ директиву ScriptInterpreterSource registry не смог, незнаю как и от куда ее убирать. здесь (httpd.conf) такого нет.
(Добавление)
Остановил и потом снова запустил Apache, ввел http://mysite/perl/my[dot]pl и получил

Internal Server Error

The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.

Please contact the server administrator, petro@localhost and inform them of the time the error occurred, and anything you might have done that may have caused the error.

More information about this error may be available in the server error log.
(Добавление)
Я вот еще что думаю может я вот эти строки не туда вставил

NameVirtualHost IP:80
<VirtualHost IP:80>
ServerName mysite
DocumentRoot "c:/apache/www/mysite"
<Directory "c:/apache/www/mysite">
Allow from all
Options +Indexes
</Directory>
</VirtualHost>

Проделал все тоже самое у себя дома (windows XP SP2)
Результат получился тот же что и на работе с windows 2007

Может нужно все по новой переделать, возможно что где то что то пропустил

Это хорошо - вы заставили файлы с расширениями exe и pl запускаться в качестве CGI-скрипта от имени Apache - однако пока что ни не выдают приемлемым вывод или Apache не может найти путь к интерпретатору Perl (Так как обычно для обхода используют пути без диска
Нет ну exe-шник должен быть настоящий - например перегоните ваш Perl-скрипт в exe с помощью программы Perl2exe (Можете скачать ее в интернете - она вам еще может пригодиться Это хорошо раз не было
Помните что достаточно существенную часть работы мы уже с вами сделали

Скачал я perl2exe , а как пользоваться ни где не могу найти. Вернее нахожу но там просто говорится перегоните в exe или так с .pl в .exe, а что при этом жать и где должен быть этот файл или куда его копировать, или где он должен потом быть

Кстати попробуйте заменить директиву на /perl/bin/perl - вероятно такой путь его устроит - главное проверьте наличия файла perl.exe в папке c:\perl\bin\ и проверте чтобы apache и perl были на одном диске