Как сохранить оригинал изображения ?
Допустим ресайз фото сохранялись бы в ../photos/small/ а оригинал в ../photos/

$dir = "../photos/";
$files = $dir.basename(date('YmdHis') . '.jpg');
resize($_FILES['files']['tmp_name'], 100);
move_uploaded_file($_FILES['files']['tmp_name'], $files);

вначале загрузить файл move_uploaded_file в директорию photos
после работать уже с ним и сохранять ресайз в директорию small

увидеть бы саму функцию resize, подозреваю что там можно путь указать для сохраения