Хочу попросить совета насчет дизайна.
Есть например определенная страничка.
Есть цель:
Как переделать код, чтобы потом легко было сделать, например, следующее:
- кнопки жёлтые и овальные
- варианты ответов либо в строчку либо в столбик
- вписать страницу в стиль какого-либо сайта заменой только CSS
- подключить спецэффекты (например чтобы переход от вопроса к вопросу "уезжал" влево-вправо или как-то ещё).

У меня все стили хранятся в css файле. Как поступать в этом случае? Что придумать? Отдельный файл с "настройками" делать? Что посоветуете?

в любом случае файл настроек будет.
так же можно хранить в куках настройки для каждого конкретного юзера(если они конечно есть) и потом получать их и выводить так как настроил юзер, а по умолчанию брать из файла настроек.
менять же стили "на лету" можно с помощью jquery

Нет, менять будет программист, просто сделать так, чтобы это было не трудоемко. Изменил несколько строчек и все.

Целесообразно использовать шаблонизатор. Я использую Smarty. Верстальщик дизайнер делает свою работу, я вставляю минимальный Смарти синтаксис и всё. Потом просто меняешь подгружаемый файл css.

Поздно пить боржоми Нужно работать с тем, что есть

Менять стили динамически во время выполнения можно различными методами без использования внешних фреймворков - можно использовать свойства style и className и объект StyleSheets для работы с самими классами стилей

Вариантов действительно очень много - и при этом для любого из придуманного способа динамического изменения стилей можно реализовать его на чистом JS-коде