Если подгрузить какой нибудь виджет или просто тупо открыть сайт во фрейма, то на том сайте, что открыт во фрейме. Можно узнать на каком сайте подгрружается к примеру виджет.

Вопрос, можно ли подменить или почистить "Рефер" перед тем как подгрузим фрейм??

В качестве url'а закатать data:text/html с маленькой html-страничкой и meta-refresh редиректом внутри на реальный внешний урл.
data uri не имеют реферера.