В общем недавно набрел вот на такую статью, про то как организовать личные сообщения на Socket.io + MySQL. Меня очень заинтересовала эта идея, решил попробовать сделать что-нибудь. Установил node.js, необходимые модули, запустил сервер, создал таблицу сообщений и пользователей. Но я не понимаю как организовать messages.php, чтобы например получать id пользователя к примеру при нажатии на его имя на странице, и куда подключать этот самый messages.php? Помогите разобраться со всем этим пожалуйста.

RageXL, непонятно как вы хотите у себя совместить php c node.js.
Вписывайте id пользователя либо как гет параметр для ссылок, либо как data-* атрибут и при клике получайте его значение.
Дальше уже через сокеты пинайте ноду, а от пыха тут нужно только отдать страницу с шаблоном.

Не пойму как сделать messages.php и как его отдать id пользователя js скрипту? Помогите разобраться.

откуда php если там node.js?
и зачем там вообще нода? у вас миллион сообщений в день?

Как тогда без php узнать кому и от кого адресовано сообщение?

RageXL, сколько можно повторять одну и ту же фразу? от этого другим должно стать понятнее?

передавать как один из параметров в сообщении, как его получить - куча варинатов

Потом этот параметр вместе с сообщением передавайте.
Если вы не знаете как вообще устроена ваша система, то откуда нам знать?

И зачем вообще пхп? Все сразу запилить на ноде и не париться, благо уже есть достаточно фрэймворков которые помогут это сделать