Необходимо сделать на странице сайта <textarea>, в которую можно было бы вставить скопированные из excel(через выделение + ctrl+c) данные и получить из этого в PHP данные в виде массива [строка1[ячейка1,ячейка2,..], строка2[ячейка1,..]]

Столкнулся с проблемой: в некоторых excel ячейках встречаются символы переноса строки. В таких случаях excel ячейку обрамляет кавычками. Как мне определить где кончается строка 1 и начинается строка 2 в таком случае?

Сами ячейки разделены между собой табуляцией, строки - символами \r\n, соответственно в обычном случае массив я создавал путем деления на строки через explode("\r\n"), а затем делением строки на ячейки через explode("\t"). А вот как быть когда внутри ячейки встречается те же \r\n... нужно как-то учитывать кавычки.

Т.е. собственно вот пример строки которую я получаю в textarea(для наглядности вставил спецсиволы \t и \r\n, на самом деле они невидимы)
ячейка1 \t ячейка2 \t "ячейка3 \r\n ячейка3 часть2" \r\n
ячейка1 \t ячейка2 \t "ячейка3" \r\n

Как мне спарсить первую строку? Возможно str_getcsv() поможет?

Попробуйте. А если не поможет, то можно попробовать вместо explode() решение с preg_split():