Есть скрипт который должен работать с определенной директории и если запросы проходят через директорию то все должно направляться на файл index.php в этой директории.
Что есть:
/home/user/domains/domain.com/ww w/ - это DOCUMENT_ROOT
/home/user/domains/domain.com/ww w/index.php
/home/user/domains/domain.com/www/.htaccess

Если скрипт положить например в:
/home/user/domains/domain.com/ww w/r1/r2/index.php
/home/user/domains/domain.com/www/r1/r2/.htaccess
то по запросу:
http://domain[dot]com//r1/r2/ , http://domain[dot]com//r1/r2/bla-bla-bla
я из за правила в
/home/user/domains/domain.com/ww w/r1/r2/.htaccess
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?$1
попадаю на страницу:
/home/user/domains/domain.com/ww w/index.php
а если таковой нет, то ошибка

Если правило делаю:
RewriteRule ^(.*)$ /r1/r2/index.php?$1
тогда все ок, но мне нужно универсальное решение для всех случаев жизни, чтоб не приходилось при каждом перемещении править htaccess
(Добавление)
Устал сильно и вымотан, проблема была тут:
RewriteBase /

В качестве возможного варианта для обеспечения универсальной программной обработки пользовательских запросов - с обеспечением выделения компонентов URL-адресов в заданной целевой виртуальной директрии - возможно включение механизхмов alias-инга и действенного перенаправления с передачей запроса CGI-скрипту - которые проводит реальные действия на основе параметров переменных окружения

Так написал же вся суть, что нужно именно так, т.е. только через Rewrite

Использование модуля mod_rewrite предполагает классическую схему осуществления перенаправления дейстивий по пользовательским запросам к задаваемым группам URL-адресов - однако рассматриваемый метод с применением CGI-скриптов предполагает осуществление полноценной программной обработки посредством сторковых функций и шаблонов регулярных выражений