Вопрос такой как лучше организовать структуру БД к который идёт 1000 запросов в секунду, лучше сделать одну таблицу или несколько, логика подсказывает что лучше несколько так как скрипт будет обращаться к одной таблице по очереди то есть это будет очередь из 1000 запросов, а если три таблицы, то допустим это уже будет очередь в 300 запросов, правильно ли мне подсказывает логика?

Очередь из запросов одна - очередь взаимоблокировок транзакций. Если никто друг друга не блокирует - все запросы исполняются параллельно.
А дальше уже очереди ввода-вывода устройств, т.к. именно туда СУБД, как правило, и упираются.

Если планируете высоконагруженную систему - то шардируйте. Сделайте так, чтобы вы в любой момент могли размазать нагрузку по нескольким машинам.

что значит шардировать?
а если я буду в качестве сервера применять облачные технологии там как раз нагрузка на несколько компов идёт?

Это значит, что рано вам лезть в проектирование архитектуры под высокие нагрузки.
Шардирование - горизонтальное масштабирование данных по кластеру.

Облачные технологии - лишь модное слово для технологий, известных уже не первое десятилетие - VPS. Если приложение не умеет масштабироваться на несколько машин, оно не сможет работать на нескольких машинах и никакая магия не поможет.
Читайте всё, что видите по слову highload. Не удивляйтесь в корне противоречивым данным, слово модное, пишут все кому не лень; читайте описания архитектур крупных проектов.

хорошо, понял спасибо х)