В Composer нет штатного инструментария для работы с ресурсами/asset.

Есть несколько более-менее популярных решений со своими достоинствами и недостатками.

libra/libra-assets-installer — умер и оживлению не подлежит.

robloach/component-installer — отлично подходит для раздачи собственных ресурсов. Но задача чаще стоит в том, чтобы подключать сторонние пакеты, в первую очередь — bower. Можно, конечно, собирать свои сборки, даже автоматизировать процесс, но придётся постоянно следить за выходом новых версий. Когда пакетов становится хотя бы десяток, это уже утомительно.

Есть средства для работы напрямую с bower-asset:

fxp/composer-asset-plugin — очень популярное решение, отчасти из-за простоты использования, отчасти из-за использования в Yii. Минус в очень долгой работе и необходимости первого глобального включения (или в новых версиях composer/plugin стали такое разруливать? — давно не натыкался на ошибку зависимостей, но специально руки не доходили проверить). Главный же для меня минус — это то, что пакет из bower тянется целиком. Со всеми исходниками, примерами, документацией... Иногда они занимают место в десятки раз больше, чем сами рабочие файлы .min.js/.min.css... И всё это вываливается на боевой сервер!

asset-packagist.org — практически то же самое решение, даже совместимое по форматам, только требует указания отдельного репозитория, что в дополнительный минус, но работает быстро, что в плюс. Главный же минус загрузки уймы мусора остаётся таким же.

Так вот, у меня возникает вопрос. Может, я что-то упустил? Может, есть решения, типа fxp/composer-asset-plugin/asset-packagist.org, но позволяющие на уровне пакета (не composer.json проекта!) указать дополнительно, какие файлы и каталоги нужно реально задействовать из bower-пакета? Или есть какое-то решение третьего типа?

лично я считаю что больше одного манагера пакетов в проекте - моветон. NuGet как то справляется без проблем и с серверными и с клиентскими либами.
Посему никаких боверов.

свой файлик инсталера на событиях композера.
поскольку это php то какая разница какие файлы править конфиги или PHP код, зато максимальная гибкость

bower [как пакетный менеджер] в теме и не упоминается