Начну с самого начала:
Структура файлов сервера такойва:
cgi-bin/uber_uploader.cgi
file/uber_uploader_global.php
file/uploads

Мне надо отредактировать файл uber_uploader.cgi:
my $temp_dir = $ENV{'DOCUMENT_ROOT'} . '/file/uploads/'; # ATTENTION: this variable must be the same as the $temp_dir set in uber_uploader_global.php
my $upload_dir = $ENV{'DOCUMENT_ROOT'} . '/file/uploads/'; # ATTENTION: this variable must be the same as the $upload_dir set in uber_uploader_global.php

вроде все верно поставила, а выдает 500 ошибку, подскажите плз, что не так?

Обеспечение работоспособности CGI-скрипта в общем случае включается в себя множество критериев при отсутствии выплнения которых получение дополнтельной информации об ошибке в клиентком HTTP-документе невозможно - частными причинами ошибки могут быть несоответстяи кодовых таблиц и символов перевода новой строки в представлении исходного кода CGI-приложение - или возникновения ошибки вследситие которой не обеспечивается последовательный вывод CGI-совместимых HTTP-заголовков ответа Кроме того важным критерияем явлчяется уровень привелегий доступа к CGI-скрпипту - значение которого может зависеть от наличия suexec-вызова

Смотрите пути до CGI-файлов, скорее всего оно их от корня диска ищет, а не от DOCUMENT_ROOT... Ну и то что JustUserR сказал - chmod (user:group) и кодировку проверьте...

В общем случае для обеспечения правильной передачи CGI-скрипта от локального тестировочного компьютера на удаленный web-сервер - возможно использование специальной опции FTP-сервера обеспечиваемой включенным параметром ASCII/текстового-режима - благодаря использованию которого осуществляется удаление символов 0x0D из исходного кода приложегия CGI-скирпта