В общем мне надо сделать так кода нажимаешь на квадратик (не знаю его точного названия) и там появляется галочка и в определенном файле перед словом ставилось точка с запятой а когда убираешь галочку то точка с запятой пропадала из файла. Как это сделать?

слово одно в файле или несколько в таком виде?
тртатат
туокрлорлк
катклтлк

Слов много...
вида:
xxxxx
yyyyy
zzzzzz

Так Вы уточняйте, что точку с запятой нужно еще перед определенным словом ставить, а то можно недопонять.

да надо перед определенным словом
мне надо сделать страницу для включения отключения модулей а что бы их включить надо перед определенным словом убрать ;

Получите содержимое файла, замените нужное слово на это же слово но с ; (или наоборот, без ; если включение) - запишите в файл. Это самое простое.
В случае множественного выбора просто сделаете множественную замену - например, можно сформировать массивы поиска/замены пробежавшись по введенным данным.
В данном случае проще всего использовать str_replace (потому как нет нужды в регулярном выражении - поиск слишком прост)
Будет корректно работать, если файл небольшой (для файлов размером порядка 10Mb нужен уже другой алгоритм, но о нем позднее, если файл у Вас действительно настолько велик)

уже давно знаки препинания придумали, блин....

В таком случае делайте explode и implode по символу разделителю - и следить за шифрованием чтобы внутри самого записываемого слова не попал разделитель